อย่างไรก็ตาม แม้ว่า
แซลมอนเป็นปลาที่มีคุณค่าทางอาหารสูง และมีประโยชน์ต่อสุขภาพตามที่เรากล่าวไป แต่มันก็มีข้อเสียเช่นกัน เพราะปลาชนิดนี้อาจมีสารปรอทที่ทำให้เกิดโรคมะเร็ง รวมถึงมีปรสิตที่สามารถทำให้เกิดโรคต่างๆ ดังนั้นคุณควรจำกัดปริมาณการทานให้เหมาะสม และเลือกซื้อปลาแซลมอนที่มีคุณภาพ ถ้าเป็นไปได้ ให้คุณเลือกทานปลาที่มาจากธรรมชาติแทนปลาที่มาจากฟาร์ม