ประมาณ 30-50% ของคนออทิสติกทั้งหมดมีปัญหาทางเดินอาหาร (GI) เรื้อรัง โดยเฉพาะอาการท้องผูกและ/หรือท้องร่วงที่สามารถคงอยู่ได้นานหลายปี ความไม่สบายและความเจ็บปวดเรื้อรังนั้นอาจทำให้เกิดความหงุดหงิด
ออทิสติก ความสนใจและการเรียนรู้ลดลง และส่งผลเสียต่อพฤติกรรม การศึกษาก่อนหน้านี้ที่มีเพียง vancomycin (ยาปฏิชีวนะ) พบว่าอาการทางระบบทางเดินอาหารและอาการออทิสติกดีขึ้นชั่วคราว แต่ประโยชน์ที่ได้หายไปภายในไม่กี่สัปดาห์หลังจากการรักษาหยุดลง แม้จะใช้โปรไบโอติกที่จำหน่ายหน้าเคาน์เตอร์ก็ตาม