สำหรับสเต็มเซลล์จากตัวอ่อนจะมีประโยชน์ นักวิจัยต้องมั่นใจว่าสเต็มเซลล์จะแยกความแตกต่างออกเป็นเซลล์เฉพาะประเภทที่ต้องการ นักวิจัยได้ค้นพบวิธีสั่งการสเต็มเซลล์ให้กลายเป็นเซลล์เฉพาะประเภท เช่น การสั่ง
StemCell จากตัวอ่อนให้กลายเป็นเซลล์หัวใจ การวิจัยยังดำเนินอยู่ในพื้นที่นี้ เซลล์ต้นกำเนิดจากตัวอ่อนยังสามารถเติบโตอย่างผิดปกติหรือเชี่ยวชาญในเซลล์ประเภทต่างๆ ได้โดยธรรมชาติ นักวิจัยกำลังศึกษาวิธีการควบคุมการเจริญเติบโตและความแตกต่างของเซลล์ต้นกำเนิดจากตัวอ่อน เซลล์ต้นกำเนิดจากตัวอ่อนยังอาจกระตุ้นการตอบสนองทางภูมิคุ้มกัน ซึ่งร่างกายของผู้รับจะโจมตีเซลล์ต้นกำเนิดในฐานะผู้รุกรานจากสิ่งแปลกปลอม หรือเซลล์ต้นกำเนิดอาจทำงานล้มเหลวตามที่คาดไว้โดยไม่ทราบผลที่ตามมา นักวิจัยยังคงศึกษาวิธีหลีกเลี่ยงภาวะแทรกซ้อนที่อาจเกิดขึ้นเหล่านี้