ผู้ป่วยที่เป็นโรคกระเพาะอาหารมักมาพบแพทย์ด้วยอาการ ปวดแน่นท้อง แสบท้องบริเวณใต้ลิ้นปี่ ท้องอืด ผู้ป่วยส่วนใหญ่จะมีการถ่ายอุจจาระเป็นสีดำ หรืออาเจียนเป็นเลือดได้ ผู้ป่วยโรคกระเพาะอาหารมักไม่มีอาการแสบร้อนหน้าอกขึ้นมาถึงคอ เหมือนผู้ป่วยโรค
กรดไหลย้อน ผู้ป่วยบางรายอาจมีเรอบ่อย และมีน้ำขย้อนขึ้นมาได้บ้างหลังทานอาหารอิ่มใหม่ๆ ทำให้เกิดความลำบากในการวินิจฉัยแยกโรคในผู้ป่วยบางราย