เป็นการยากที่จะบอกว่าฝาแฝดเหมือนกันหรือเป็นพี่น้องกันตั้งแต่แรกเกิด ฝาแฝดที่เหมือนกันบางคู่อาจเกิดจากเยื่อหุ้มแต่ละชุด ซึ่งอาจนำไปสู่การสันนิษฐานที่ผิดพลาดว่าทารกเป็นพี่น้องกัน วิธีหนึ่งที่จะบอกความแตกต่างได้คือการตรวจดีเอ็นเอของฝาแฝด ฝาแฝดที่เหมือนกันจะแบ่งปันข้อมูลทางพันธุกรรมที่เหมือนกัน ในขณะที่
ฝาแฝด ที่เป็นพี่น้องกันจะมีข้อมูลทางพันธุกรรมที่เหมือนกันครึ่งหนึ่ง การทดสอบสามารถทำได้ด้วยการเก็บตัวอย่างเซลล์แก้มโดยไม่เจ็บปวด การตรวจอื่นๆ ได้แก่ การตรวจหมู่เลือด