สารอาหารที่ร่างกายรวบรวมไว้จะถูกย่อยในลำไส้ ที่นี่ เอ็นไซม์จะจดจำรูปแบบต่างๆ ของอาหารในฐานะสารตั้งต้นที่พวกมันทำหน้าที่ และทำงานเพื่อแยกพวกมันออกจากกัน เมื่อแตกตัวแล้ว
สารตั้งต้น ผลิตภัณฑ์เหล่านี้จะถูกส่งไปยังเซลล์ต่างๆ ทั่วร่างกาย ปัจจุบันเรียกว่าซับสเตรตอีกครั้ง เอ็นไซม์ใหม่จะทำงานกับสารเหล่านี้เพื่อรวมเป็นโมเลกุลที่ใหญ่ขึ้นและรวมเข้าไว้ในร่างกาย การจะพิจารณาว่าสารใดเป็นสารตั้งต้นหรือไม่นั้นขึ้นอยู่กับว่าสารนั้นถูกนำไปทำปฏิกิริยาใด และสารนั้นมาจากปฏิกิริยาใด หลังจากซับสเตรตกลายเป็นผลิตภัณฑ์แล้ว ซับสเตรตสามารถกลับมาเป็นซับสเตรตอีกครั้งได้ทันทีหากมีเอนไซม์ชนิดอื่นสามารถออกฤทธิ์ได้ เนื่องจากเอ็นไซม์มีความเฉพาะเจาะจงและลดเวลาในการทำปฏิกิริยา เราจึงสามารถผลิตสารเคมีจำนวนมากที่เป็นไปไม่ได้เลยหากไม่มีขั้นตอนขั้นกลาง และเอ็นไซม์ก็ทำหน้าที่ส่วนใหญ่