ไวรัสพบได้ทุกที่ที่มีชีวิตและอาจมีอยู่ตั้งแต่เซลล์ที่มีชีวิตพัฒนาขึ้นเป็นครั้งแรก [23]ต้นกำเนิดของ
เชื้อไวรัส ไม่ชัดเจนเพราะพวกมันไม่ได้ก่อตัวเป็นฟอสซิล ดังนั้นเทคนิคระดับโมเลกุล จึง ถูกนำมาใช้เพื่อตรวจสอบว่าพวกมันเกิดขึ้นได้อย่างไร [24]นอกจากนี้ สารพันธุกรรมของไวรัสบางครั้งจะรวมเข้ากับสายสืบของสิ่งมีชีวิตที่เป็นโฮสต์ โดยพวกมันสามารถส่งต่อในแนวดิ่งไปยังลูกหลานของโฮสต์ได้หลายชั่วอายุคน